آکادمی علوم و فناوری فلسطین در سال ۱۹۹۴ توسط سازمان آزادی‌بخش فلسطین و به درخواست یونسکو تأسیس شد. این آکادمی رسماً با فرمان شماره ۱۱۴ ریاست جمهوری در سال ۱۹۹۷ تأسیس شد و جایگاه آن را به عنوان یک سازمان مستقل، غیردولتی و غیرانتفاعی به رسمیت شناخت. این فرمان به آکادمی اختیار داد تا به عنوان نهاد اصلی علم و فناوری در کشور عمل کند و وظیفه مشاوره در تدوین سیاست‌ها، برنامه‌ها و پروژه‌های حمایت از توسعه ملی و هماهنگی فعالیت‌های علمی و فناوری (S&T) مربوطه را بر عهده داشته باشد. در نتیجه، این آکادمی به قطب مرکزی و سازمان چتری برای علم و فناوری در فلسطین تبدیل شده است.
دکتر فتحی عرفات بود به عنوان اولین رئیس جمهور آن منصوب شدبه همراه یاسر عرفات، رئیس تشکیلات خودگردان فلسطین، به عنوان رئیس افتخاری.
در سال ۱۹۹۸، دکتر رفیق الحسینی به عنوان اولین دبیرکل آکادمی منصوب شد. دکتر محمد زیاره در سال ۲۰۰۰ به عنوان دبیرکل موقت جانشین او شد و پس از او در اوایل سال ۲۰۰۱، دکتر عماد الخطیب که در ابتدا به عنوان دبیرکل موقت خدمت می‌کرد، در اواخر همان سال به عنوان دبیرکل منصوب شد. دکتر حکمت اجوری به عنوان معاون رئیس آکادمی منصوب شد.
جایگاه آکادمی مجدداً تأیید شد فرمان شماره ۱۳ ریاست جمهوری در سال ۲۰۰۴ (در انگلیسی) و آن را به عنوان یک نهاد ملی، مستقل و خودگردان تثبیت می‌کند. آکادمی علوم و فناوری فلسطین نقش مهمی در پیشرفت علم، فناوری و نوآوری در فلسطین و استفاده از آنها به عنوان محرک‌های توسعه اقتصادی، اجتماعی و انسانی ایفا می‌کند. برای دستیابی به این هدف، آکادمی با شرکای دانشگاهی، دولتی و صنعتی، چه در سطح محلی و چه در سطح بین‌المللی، همکاری نزدیکی دارد. هماهنگی و بهینه‌سازی تلاش‌های ملی با توجه به منابع محدود و چالش‌های قابل توجه پیش رو، به ویژه حیاتی است. دفتر مرکزی آکادمی در اورشلیم است و دفاتر دیگری در رام‌الله و غزه دارد.
